La Asamblea General es el máximo órgano de gobierno del Fondo Indígena. Se reúne bianualmente y está conformada por los delegados gubernamentales e indígenas de los Estados miembros que acrediten las Cancillerías respectivas.

Específicamente, y de conformidad con el artículo 3.2 a) del Convenio Constitutivo, la Asamblea General está integrada por:

• un delegado acreditado por el Gobierno de cada uno de los Estados Miembros; y
• un delegado de los Pueblos Indígenas de cada Estado de la región Miembro del Fondo Indígena, acreditado por su respectivo Gobierno luego de consultas llevadas a efecto con las organizaciones indígenas de ese Estado, conforme a lo establecido en las Directivas Operacionales Nº 11 y 12 del Fondo Indígena, a excepción de los Estados que no acreditan población indígena. países miembros y 18 delegados indígenas.

Los países miembros podrán acreditar a más de un delegado gubernamental y/o indígena, en calidad de delegado alterno, factor que no altera la composición de la Asamblea. Por su parte, Cuba, Bélgica, España y Portugal no acreditan delegado indígena.