El Programa de Formación y Capacitación es una iniciativa sin precedentes que trata de rescatar e institucionalizar el saber y el conocimiento de los Pueblos Indígenas. Consta de dos grandes componentes: el Proyecto de la Universidad Indigena Intercultural (UII) y el Programa de Formación de Líderes en la Región Andina (PFELICAN), con la creación de una Escuela de Gobierno y Políticas Públicas.