Una de las primeras tareas del nuevo Consejo Directivo del Fondo Indígena para la gestión 2004-2006 fue elaborar un plan operativo, que parte de la reestructuración institucional y se proyecta a la concreción de los Programas Emblemáticos.
Con el fin de lograr que los Pueblos Indígenas de América Latina y El Caribe posean organizaciones sólidas, capaces de administrar y negociar técnica, económica, política, cultural y socialmente sus procesos de desarrollo con identidad, el plan bianual del Fondo Indígena se ha marcado seis propósitos: