El Fondo Indígena nació bajo el imperativo ético de superar el acumulado déficit histórico en el que se encuentran los Pueblos Indígenas de América Latina y el Caribe. Desde entonces, se ha ido consolidando como un organismo especializado en la temática indígena.
Siempre fiel a sus principios orientadores, el Fondo Indígena ha estado atento a los nuevos desafíos y ha sabido adaptarse a los tiempos que le ha tocado vivir, para cumplir su cometido de apoyar a los Pueblos Indígenas de la región e impulsar su autodesarrollo.
Sus principios orientadores responden al propósito de avanzar hacia la consolidación de sociedades plurales y democráticas que se asienten sobre la base de la diversidad y el diálogo intercultural.