La legitimidad y singularidad institucional como organismo paritario, le ha permitido al Fondo Indígena realizar sus propios programas: los Programas Emblemáticos.
Los Programas Emblemáticos, de alcance regional y alto impacto en temas estratégicos, son el resultado de las decisiones adoptadas y las propuestas realizadas por las propias organizaciones indígenas representadas y asociadas al Fondo Indígena a lo largo de una década.
Con estos programas, el Fondo Indígena pretende construir una plataforma sólida de desarrollo con identidad. A través de ellos se concretan las demandas de proporcionar información de calidad sobre la situación de los Pueblos Indígenas, formar y capacitar a líderes, dirigentes y autoridades indígenas y concertar políticas públicas, programas y proyectos.
Pasar de las palabras a los hechos, de los propósitos a las acciones, con este espíritu de transformación el Fondo Indígena ha emprendido el nuevo reto de llevar adelante sus Programas Emblemáticos:
El Programa de Formación y Capacitación es una iniciativa sin precedentes que trata de rescatar e institucionalizar el saber y el conocimiento de los Pueblos Indígenas. Consta de dos grandes componentes: el Proyecto de la Universidad Indigena Intercultural (UII) y el Programa de Formación de Líderes en la Región Andina (PFELICAN), con la creación de una Escuela de Gobierno y Políticas Públicas.
La creación de la UII pretende conformar una currícula académica que incluya los saberes indígenas. Programas completos de enseñanza superior, maestrías, diplomados y cursos forman parte de la UII, pero su punta de lanza es la Cátedra Indígena Itinerante. De esta forma, la UII, creada en base a una Red de Centros Asociados en toda la región, beneficiará no sólo a la población indígena sino a toda la sociedad.
A su vez, el PFELICAN, que se implementa en los países andinos, está dirigido específicamente a aquellos líderes en funciones de responsabilidad pública. Gobernabilidad, desarrollo con identidad, derechos indígenas y tecnologías de la información y la comunicación son las áreas en las que, hasta el momento, se viene implementando el Programa.
El Programa de Información y Comunicación tiene como objetivo contribuir a fortalecer el diálogo informado e intercultural entre los principales actores del desarrollo indígena y, al mismo tiempo, dar visibilidad a los temas centrales y prioritarios del sector.
El Programa, que contempla la generación de indicadores para identificar con mayor pertinencia la situación social, económica y cultural de los Pueblos Indígenas, se desarrolla a través del Sistema de Información de Pueblos Indígenas (SIPI).
La estructuración de indicadores sociodemográficos específicos, la construcción de una base de datos, la generación de información georeferenciada satelital y una serie de estudios sobre diversos aspectos de la vida de los Pueblos Indígenas, entre ellos un informe sobre su desarrollo, son las piezas clave que cubre este programa.
El Programa de Concertación es el eje central del accionar del Fondo Indígena desde sus orígenes. El diálogo, la negociación y la concertación son algunos de los principales instrumentos del organismo internacional para avanzar en el cumplimiento de su mandato. El Programa, diseñado para establecer puentes de diálogo entre los Gobiernos, los Pueblos Indígenas y la Cooperación Internacional, está enfocado hacia la estructuración de políticas públicas pertinentes y eficaces para los Pueblos Indígenas.
Asimismo, apoya procesos de institucionalización de mecanismos estatales y ofrece un instrumento de concertación a través de las Instancias Consultivas Nacionales o Regionales.
El Programa de Desarrollo con Identidad (PRODEI) es una plataforma para incentivar, crear y apoyar iniciativas de desarrollo bajo el enfoque de la identidad, más pertinente y acorde con los Pueblos Indígenas. Es decir, bajo un nuevo concepto de desarrollo desde la perspectiva indígena.
Precisamente ese es uno de sus puntos clave: la formulación de un nuevo paradigma de desarrollo, el Desarrollo con Identidad, en el cual los Pueblos Indígenas dejan definitivamente de ser objetos para convertirse en sujetos dueños de su destino.
En la primera fase de diseño, este programa ha contemplado la sistematización tanto de experiencias de desarrollo indígena como de políticas públicas en la región.