La política de apoyo a programas y proyectos definida en el Plan de Reestructuración del Fondo Indigena establece que los programas y proyectos constituyen uno de los ejes principales de planeación y actuación de la institución.
Basado en la acumulación de experiencias institucionales, focaliza sus acciones en los pueblos, comunidades y organizaciones indígenas a través del lanzamiento de los Programas Emblemáticos Regionales, dando respuesta, a los temas más actuales que preocupan a los Pueblos Indígenas.
Desde un gran paraguas de seis programas a nivel de región de América Latina y El Caribe: información, concertación, formación y capacitación, derechos, desarrollo con identidad y el fortalecimiento institucional es posible desencadenar procesos nacionales y locales sin que ello implique que el Fondo atienda en ese último nivel. Es decir, los Programas Emblemáticos nos ayudan a entender, fortalecer, crear, acompañar y desarrollar procesos regionales y nacionales para su posterior aplicación a nivel local, en un proceso de intercambio de ida y vuelta en los ámbitos mencionados.